Anfang der 1990er Jahre wurde in einem Bauwagen auf dem Gelände der Trinitatiskirchruine mit der Sozialdiakonischen/Offenen Jugendarbeit begonnen. Dadurch wurde mit Fördermitteln, Eigenmitteln der damaligen Trinitatiskirchgemeinde, Spenden und der Einbeziehung von Jugendlichen des Jugendzentrums und der Gemeinde größere Sicherungsarbeiten an der Ruine möglich. So wurde der Hauptturm ausgebaut und 1994 wieder eingeweiht. 1996 gründete sich der "Förderverein für die Erhaltung und Nutzung der Trinitatiskirchruine in Dresden-Johannstadt e. V." der bis 2019 bestand.

Mit dessen zusätzlicher Hilfe wurde das Kirchenschiff in einen nutzbaren Platz verwandelt, eine Seitenempore eingebaut, der Altarplatz befestigt, die Sakristei und Taufkapelle und die darunterliegenden Räume (Einweihung 1998) ausgebaut. Seit 1999 fanden regelmäßig in den Sommermonaten Gottesdienste in der Ruine statt. So konnte auch am 24. Dezember 2000 die erste Weihnachtsvesper nach der Zerstörung unter freiem Himmel gefeiert werden.

Ende 2001/Anfang 2002 entstand gegenüber dem Gemeindehaus eine neuer Zugang zu den Kellerräumen, um eine leichte Zugänglichkeit zu ermöglichen.

Obwohl in Fritz Löfflers "Das alte Dresden" im angehangenen Orts-, Straßen- und Sachregister unter Trinitatiskirche u. a. steht: "Wiederherstellung vorgesehen" konnte über die langfristige bauliche Zukunft nur spekuliert werden. Hochschullehrern und Studenten der Hochschule für Technik und Wirtschaft in Dresden war es Anfang 2001 allemal wert, ihre Ideen und Konzepte über die Gestaltung und Nutzung der Ruine der Gemeinde mit mehreren Modellen zu präsentieren, wenn gleich  wenig Hoffnung bestand, diese Arbeiten in die Realität umzusetzen.